Los antecesores de los kawésqar llegaron a su área de nomadismo hace unos 6.000 años. En el siglo 16 cuando establecieron sus primeros contactos con el otros hombres, se estima que eran unas 2.500 a 3.000 personas. A fines del siglo 18 comenzaron a llegar a la zona una gran cantidad de barcos balleneros y loberos, especialmente de nacionalidad inglesa y estadounidense. A contar de esta época empezaron a contraer las enfermedades que pronto los llevarían a su declinación numérica.
Los europeos, desde su primer contacto, consideraron a los indígenas patagónicos como salvajes dignos de estudio. A partir de 1871 comenzó la exhibición de indígenas vivos en ciudades europeas y norteamericanas, costumbre que cesó a comienzos del siglo 20. Familias completas de las etnias kawésqar, yagán, selknam y mapuche fueron exhibidas en Francia, Inglaterra, Bélgica y Alemania. Llegaban por encargo de sociedades científicas y por comerciantes que lucraban con su exhibición al público. Los viajes duraban entre cuatro y seis meses y en ellos los indígenas solían enfermar y morir.
A fines del siglo 19 misioneros salesianos obtuvieron la concesión de la isla Dawson donde establecieron una misión con el propósito de evangelizar, “proteger y cuidar” a los indígenas de la zona, con ello comenzó el proceso de transformación de su vida nómada en sedentaria y el cambio de sus hábitos ancestrales, como la vestimenta, dejando de usar el aceite de lobo marino y la capa que los protegía del agua de la lluvia y del frío, debiendo usar ropa occidental, la que al estar permanentemente húmeda les trajo nuevas enfermedades. En 1900 se estimaba una población de 1.000 kawésqar la que 1924 había descendido a 250.
En 1937 el Gobierno chileno, mediante la Fuerza Aérea de Chile estableció una estación en Puerto Edén. Su primer jefe fue el sargento Carlos Gaymer Gómez. El sargento Gaymer permanecio en Puerto Edén hasta abril de 1950 en forma ininterrumpida, la señora Matilde falleció en 1949 y fue sepultada en el cementerio de Puerto Edén. Durante estos 12 años la familia dedicó sus esfuerzos a educar y capacitar a los kawésqar que llegaron a vivir alrededor del puesto.
A fines del año 1940, el gobierno autorizó que un joven kawésqar de 10 años de edad que destacaba por su vivacidad e inteligencia, con la autorización de sus padres, fuera trasladado a Punta Arenas para estudiar bajo la tutela de los sacerdotes salesianos. El presidente de la república Pedro Aguirre Cerda supo de este caso y decidió apadrinar a Lautaro Edén Wellington, Terwa Koyo y dispuso que fuera trasladado a Santiago para terminar su enseñaza de humanidades. Lautaro en 1947 entró a la Escuela de Especialidades de la Fuerza Aérea. En 1948 contrajo matrimonio con la enfermera Raquel Toro Vilches y en 1949 regresó con el grado de cabo 2º mecánico, siendo destinado a la estación de Puerto Edén. Terwa Koyo viajó sin su esposa y al encontrarse entre su pueblo, comenzó a tratarlos como una tropa, mandándoles hacer ejercicios militares y trabajos de acarreo de tierra, cosa que ellos aceptaron de buen grado, pues habían llegado a admirarlo. A los pocos meses desertó regresando a la vida nómada de sus antepasados. Prácticamente toda la población joven de Puerto Edén lo siguió. Lautaro falleció en 1953 al hundirse su chalupa. Fue una persona admirada por sus compañeros.
Por esa misma época, frecuentaban la zona loberos chilotes, quienes en muchas ocasiones cometieron asesinatos, violaciones y secuestros de kawésqar.
El 5 de agosto de 2008, falleció Alberto Achacaz Walakial, de 79 años aproximadamente, el más anciano de los kawésqar sobrevivientes
